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Nat Med | O le tele-omics auala e faʻapipiʻi ai le tumo tuʻufaʻatasia, puipuia ma microbial laufanua o le kanesa colorectal e faʻaalia ai le fegalegaleaiga a le microbiome ma le tino puipuia.
E ui lava o biomarkers mo le kanesa colon muamua na suʻesuʻeina tele i tausaga talu ai nei, o taʻiala ile falemaʻi o loʻo i ai nei e naʻo le faʻaogaina o le tumor-lymph node-metastasis ma le suʻesuʻeina o faaletonu ole DNA mismatch (MMR) poʻo le microsatellite instability (MSI) (faʻaopoopo i suʻega faʻamaʻi masani. ) e fuafua ai fautuaga mo togafitiga. Ua matauina e le au su'esu'e le leai o se feso'ota'iga i le va o tali fa'aa'ai e fa'atatau i gene, fa'amatalaga microbial, ma le tumo stroma i le Cancer Genome Atlas (TCGA) fa'asologa o le kanesa colorectal ma le ola ma'i.
A'o fa'agasolo su'esu'ega, o le tele o uiga o le kanesa colorectal muamua, e aofia ai le kanesa cellular, immune, stromal, po'o microbial natura o le kanesa, ua lipotia mai e matua feso'ota'i ma taunu'uga fa'afoma'i, ae o lo'o i ai pea le utiuti o le malamalama pe fa'afefea ona a'afia a latou fegalegaleaiga i taunu'uga o tagata ma'i. .
Ina ia vaʻaia le sootaga i le va o le faʻalavelave faʻafuaseʻi ma le taunuʻuga, o se vaega o tagata suʻesuʻe mai le Sidra Institute of Medical Research i Qatar talu ai nei na atiina ae ma faʻamaonia se togi tuʻufaʻatasia (mICRoScore) e faʻamaonia ai se vaega o tagata mamaʻi e lelei le ola e ala i le tuʻufaʻatasia o uiga microbiome ma le teena o le puipuiga. tumau (ICR). Na faia e le 'au se suʻesuʻega faʻapitoa faʻapitoa o faʻataʻitaʻiga fou faʻaaisa mai le 348 tagata mamaʻi e maua i le kanesa colorectal muamua, e aofia ai le RNA sequencing o tuma ma faʻatusatusa le tino maloloina o le tino, faʻasologa atoa o le exome, loloto T-cell receptor ma 16S bacterial rRNA gene sequencing, faʻaopoopo i le tuma atoa. genome sequencing e fa'asino atili ai le microbiome. O le suʻesuʻega na lolomiina i le Nature Medicine e pei o le "O se tumo tuʻufaʻatasia, puipuia ma microbiome atlas o le kanesa colon".
Tala na lomia i le Nature Medicine
AC-ICAM Va'aiga lautele
Na fa'aogaina e le au su'esu'e se fa'asologa o le genomic orthogonal e su'esu'e ai fa'ata'ita'iga tumo fa'aaisa fou ma fa'afetaui i le tino soifua maloloina lata ane (tumor-masani pa'iga) mai tagata mama'i e maua i le su'esu'ega o le kanesa colon e aunoa ma se togafitiga fa'apitoa. Faʻavae i luga ole faʻasologa atoa-exome (WES), RNA-seq faʻatonuga o faʻamaumauga, ma suʻesuʻega tuʻufaʻatasiga, faʻamaumauga genomic mai 348 maʻi na taofia ma faʻaogaina mo suʻesuʻega i lalo ma le vaʻaia mulimuli o 4.6 tausaga. Na faaigoa e le au suʻesuʻe lenei punaoa Sidra-LUMC AC-ICAM: O se faʻafanua ma taʻiala i fegalegaleaiga puipuia-kanesa-microbiome (Ata 1).
Fa'avasegaga mole fa'aaogaina ICR
O le pu'eina o se seti fa'avasegaina o fa'ailoga fa'agata mo le fa'aauauina o le su'esu'ega o le kanesa, e ta'ua o le immune constant of rejection (ICR), na fa'atumauina ai e le au su'esu'e le ICR e ala i le fa'aputuina i totonu o le 20-gene panel e aofia ai ituaiga kanesa eseese, e aofia ai le melanoma, kanesa o le manava, ma kanesa o le susu. O lo'o feso'ota'i fo'i le ICR ma le tali atu o le immunotherapy i ituaiga kanesa eseese, e aofia ai le kanesa o le susu.
Muamua, na faʻamaonia e le au suʻesuʻe le saini a le ICR o le AC-ICAM cohort, e faʻaaoga ai le faʻaogaina o le faʻavasegaina o le ICR gene-based e faʻavasegaina ai le vaega i ni fuifui se tolu / tui puipui: maualuga ICR (vevela vevela), medium ICR ma maualalo ICR (malulu. tuma) (Ata 1b). O tagata suʻesuʻe na faʻaalia le faʻaogaina o le puipuia e fesoʻotaʻi ma le consensus molecular subtypes (CMS), o se faʻavasegaga faʻavae o le kanesa colon. o vaega CMS e aofia ai CMS1/immune, CMS2/canonical, CMS3/metabolic ma CMS4/mesenchymal. O su'esu'ega na fa'aalia ai e le lelei le feso'ota'iga o sikoa ICR ma nisi o auala sela o le kanesa i vaega laiti uma o le CMS, ma o feso'ota'iga lelei fa'atasi ai ma auala e fa'afeso'ota'i ai le immunosuppressive ma le stromal sa na'o le tuma CMS4 na matauina.
I CMS uma, o le tele o le natura killer (NK) cell ma T cell subsets na sili ona maualuga i le ICR high immune subtypes, ma sili atu le fesuiaiga i isi leukocyte subsets (Ata 1c) .ICR immune subtypes sa eseese OS ma PFS, faʻatasi ai ma le faʻatupulaia o le alualu i luma. i le ICR mai le maualalo i le maualuga (Ata 1d), faʻamaonia le matafaioi a le ICR i le kanesa colorectal.
Ata 1. AC-ICAM su'esu'ega fa'ata'ita'iga, saini fa'aigoa fa'aa'i puipuia, puipuia ma mole mole laiti ma le ola.
E pu'eina e le ICR ia sela T ua fa'atamaoaigaina i le tumo, ua fa'ateleina fa'atosina
E na'o se vaega to'alaiti o sela T o lo'o fa'auluina le tino o le tumo ua lipotia mai e fa'apitoa mo antigens tumo (itiiti ifo i le 10%). O le mea lea, o le tele o sela T i totonu-tumor e taʻua o sela T e tuʻu ai (tulaga T sela). O le fesoʻotaʻiga sili ona malosi ma le numera o sela T masani ma TCRs aoga na matauina i le stromal cell ma leukocyte subpopulations (maua e le RNA-seq), lea e mafai ona faʻaogaina e faʻatatau i le T cell subpopulations (Ata 2a). I totonu o fuifui ICR (faʻavasega atoa ma le CMS), o le maualuga o le clonality o immune SEQ TCRs na matauina i le ICR-maualuga ma le CMS subtype CMS1 / vaega faʻamaʻi (Ata 2c), faʻatasi ai ma le maualuga maualuga o ICR-maualuga tumutumu. I le faʻaaogaina o le transcriptome atoa (18,270 genes), ono ICR genes (IFNG, STAT1, IRF1, CCL5, GZMA, ma CXCL10) o loʻo i ai i totonu o kenera pito i luga e sefulu e fesoʻotaʻi lelei ma le TCR immune SEQ clonality (Ata 2d). O le ImmunoSEQ TCR clonality e sili atu ona malosi le fesoʻotaʻiga ma le tele o genes ICR nai lo faʻasalalauga na matauina i le faʻaogaina o faʻailoga CD8 + tali tumo (Ata 2f ma le 2g). I le faaiuga, o le auiliiliga o loʻo i luga o loʻo faʻaalia ai o le saini a le ICR e puʻeina le i ai o sela T faʻamaoaigaina, faʻapipiʻi faʻapipiʻi clonally ma e mafai ona faʻamatalaina ona aʻafiaga.
Ata 2. Fuafuaga TCR ma fa'amaopoopo fa'atasi ma kenera e feso'ota'i puipuia, puipuia ma mole mole.
Microbiome tu'ufa'atasiga i le soifua maloloina ma aano o le kanesa colon
Na faia e le au suʻesuʻe le faʻasologa o le 16S rRNA e faʻaaoga ai le DNA na maua mai le tumo fetaui ma le tino maloloina o le colon mai le 246 maʻi (Ata 3a). Mo le faʻamaonia, na suʻesuʻeina foʻi e le au suʻesuʻe 16S rRNA gene faʻasologa o faʻamaumauga mai isi faʻataʻitaʻiga tumo e 42 e leʻi fetaui ma le DNA masani o loʻo avanoa mo suʻesuʻega. Muamua, na faʻatusatusa e le au suʻesuʻe le tele o laʻau i le va o tumo tutusa ma le tino maloloina. Clostridium perfringens na matua faʻateleina i totonu o le tino pe a faʻatusatusa i faʻataʻitaʻiga maloloina (Ata 3a-3d). E leai se eseesega tele i le alpha diversity (eseesega ma le tele o ituaiga i se faʻataʻitaʻiga e tasi) i le va o le tumo ma faʻataʻitaʻiga maloloina, ma o se faʻaitiitiga tauagafau i microbial diversity na matauina i ICR-maualuga tuma e faʻatatau i ICR-maualalo tuma.
Ina ia suʻesuʻeina fesoʻotaʻiga talafeagai ile va o faʻamatalaga microbial ma taunuʻuga ile falemaʻi, na faʻamoemoe le au suʻesuʻe e faʻaoga le 16S rRNA gene sequencing data e faʻamaonia ai uiga microbiome e vaʻai ai le ola. I le AC-ICAM246, na faʻatautaia e le au suʻesuʻe se faʻataʻitaʻiga o le OS Cox regression lea na filifilia ai le 41 faʻatasi ma le leai o se zero coefficients (faʻafesoʻotaʻi ma faʻalavelave faʻalavelave faʻafuaseʻi), e taʻua o le MBR classifiers (Ata 3f).
I lenei vaega o aʻoaʻoga (ICAM246), o se sikoa MBR maualalo (MBR<0, maualalo MBR) na fesoʻotaʻi ma se faʻalavelave maualalo maualalo o le oti (85%). Na faʻamaonia e le au suʻesuʻe le fesoʻotaʻiga i le va o le maualalo o le MBR (tulaga lamatia) ma le faʻaumiina o le OS i ni vaega faʻamaonia tutoatasi e lua (ICAM42 ma TCGA-COAD). (Ata 3) O le suʻesuʻega na faʻaalia ai se fesoʻotaʻiga malosi i le va o le endogastric cocci ma le MBR scores, e tutusa i le tumo ma le tino maloloina.
Ata 3. Microbiome i le tumo ma le tino maloloina ma le sootaga ma le ICR ma le ola maʻi.
Fa'ai'uga
Ole auala ole tele-omics o lo'o fa'aogaina i lenei su'esu'ega e mafai ai ona su'esu'eina mae'ae'a ma au'ili'ili ole saini mole o le tali atu i le kanesa colorectal ma fa'aalia ai le fegalegaleaiga i le va o le microbiome ma le puipuiga. O le fa'asologa o le TCR loloto o le tuma ma le tino maloloina na fa'aalia ai o le a'afiaga o le ICR atonu e mafua ona o lona gafatia e pu'eina le tumo-fa'amaoaigaina ma atonu o le tumo antigen-specific T cell clones.
E ala i le suʻesuʻeina o le tumo microbiome tuʻufaʻatasiga e faʻaaoga ai le 16S rRNA gene sequencing i AC-ICAM faʻataʻitaʻiga, na iloa ai e le 'au se microbiome saini (MBR risk score) ma le malosi faʻatatau. E ui lava o lenei saini na maua mai i faʻataʻitaʻiga tumo, sa i ai se fesoʻotaʻiga malosi i le va o le colorectum soifua maloloina ma le tumo MBR tulaga lamatia, ma fautua mai e mafai e lenei saini ona puʻeina le fatu microbiome fatuga o gasegase. E ala i le tuʻufaʻatasia o le ICR ma le MBR scores, na mafai ai ona faʻamaonia ma faʻamaonia se biomarker a tamaiti aʻoga multi-omic e vaʻai ai le ola i tagata mamaʻi e maua i le kanesa colon. Ole fa'amaumauga ole tele-omic ole su'esu'ega e maua ai se punaoa e malamalama atili ai i le biology o le kanesa colon ma fesoasoani e su'e auala fa'apitoa mo togafitiga.
Taimi meli: Iuni-15-2023
Fa'atonuga fa'alilolilo