Fa'atinoga o su'esu'ega fa'ateleina o le nucleic acid e iloa ai le SARS-CoV-2 i Etiopia

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Talu mai le 2019 coronavirus faʻamaʻi (COVID-19), o le tele o suʻesuʻega faʻamalosi faʻamalosi faʻamalosi faʻatau (NAATs) ua atiaʻe i le lalolagi atoa ma ua avea ma suʻega masani. E ui lava o le tele o suʻega na vave ona atiaʻe ma faʻaoga i suʻesuʻega faʻataʻitaʻi falesuesue, o le faʻatinoga o nei suʻega e leʻi iloiloina i ni tulaga eseese. O le mea lea, o lenei suʻesuʻega na faʻamoemoe e iloilo le faʻatinoga o le Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, ma le Sansure Biotech suʻega e faʻaaoga ai le Composite Reference Standard (CRS). O le suʻesuʻega na faia i le Ethiopian Public Health Institute (EPHI) mai le 1 i le 30 Tesema 2020. 164 faʻataʻitaʻiga nasopharyngeal na maua mai i le faʻaogaina o le QIAamp RNA mini kit ma le Abbott DNA sample preparation system. Mai 164 fa'ata'ita'iga, 59.1% sa lelei ma 40.9% sa le lelei mo CRS. Sansure Biotech positivity na matua maualalo pe a faatusatusa i le CRS (p <0.05). Sansure Biotech positivity na matua maualalo pe a faatusatusa i le CRS (p <0.05). Положительные результаты Sansure Biotech e mafai ona fa'aulu i luga ole laiga ile CRS (p <0,05). O taunu'uga lelei a le Sansure Biotech na matua'i maualalo pe a fa'atusatusa ile CRS (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p <0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p <0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). O le Sansure Biotech e matua itiiti lava i'uga lelei pe a fa'atusatusa i le CRS (p <0.05).O le aotelega o le maliliega o iloiloga e fa o le 96.3-100% faʻatusatusa i le CRS. I le faaopoopo atu i le maualalo o le positivity rate o le Sansure Biotech assay, o le faʻatinoga o faʻataʻitaʻiga na toetoe a faʻatusatusa. E pei o lea, o le Sansure Biotech [Suʻesuʻega Naʻo (RUO)] suʻega e manaʻomia ai faʻamaoniga faaopoopo mo lona faʻaogaina i Etiopia. Ma le mea mulimuli, e tatau ona iloiloina su'esu'ega fa'aopoopo e iloilo ai su'ega fa'atasi ai ma fa'amatalaga talafeagai a le gaosiga.
Ole su'ega ole su'esu'ega ole vaega ole World Health Organization (WHO) Fuafuaga Fuafuaga mo le Fa'ama'i Coronavirus 2019 (COVID-19) Tapenaga ma Tali (SPRP). O loʻo fautuaina e le WHO e manaʻomia e atunuʻu le fausiaina o fale suʻesuʻe gafatia e faʻaleleia ai le sauniuni, faʻatautaia lelei mataupu, mataala ma vave tali atu i luʻitau o le soifua maloloina lautele. O lo'o fa'ailoa mai ai o le matafaioi a le falesu'esu'e o le ki lea e fa'ailoa ai le fa'ama'i ma le fa'ama'i o fa'ama'i pipisi ma fa'atonutonuina lo latou sosolo.
Ole su'esu'ega ole COVID-19 e mana'omia ai fa'amatalaga fa'ama'i ma fa'afoma'i, fa'ailoga patino/fa'ailoga, ma fa'amaumauga fa'a-leitio ma su'esu'ega2. Talu ona lipotia le faʻamaʻi COVID-19 i Wuhan, Saina, e tele suʻesuʻega faʻamalosi faʻamalosi faʻamalosi faʻatau (NAATs) ua fausia i le lalolagi atoa. O le taimi moni fa'aliliuga fa'aliliuga polymerase chain reaction (rRT-PCR) ua fa'aaogaina e fai ma auala masani ma masani mo su'esu'ega ile su'esu'ega ole fa'ama'i ogaoga manava manava 2 (SARS-CoV-2)3. Ole su'esu'ega mole ole SARS-CoV-2 e masani lava ona fa'avae ile N (nucleocapsid protein gene), E (envelope protein gene), ma RdRp (RNA-dependent RNA polymerase genes) i le ORF1a/b (tatala faitau fa'avaa 1a/b) . gene) itulagi ua iloa mai le genome viral. O lo'o fa'apea o nofoaga fa'asao fa'apolopolo o lo'o maua i genom viral mo le fa'ailoaina ole virus4. Faatasi ai ma nei kenera, o kenera RdRp ma E e maualuga le maaleale o su'esu'ega, ae o le gene N e maualalo le maaleale5.
O le fa'atinoga o su'ega PCR e ono fesuisuia'i e fa'atatau i mea eseese e pei o: reagents extraction, amplification/detection reagents, auala fa'aala, lelei ole masini PCR ma isi mea faigaluega. E oʻo mai ia Aperila 2020, e silia ma le 48 masini suʻesuʻe eseese mai atunuʻu e iva ua maua le Faʻatagaina o Faʻalavelave Faʻafuaseʻi (EUA) mo faʻamaʻi COVID-196. I Etiopia, e sili atu i le 14 taimi moni PCR platforms o loʻo faʻaogaina mo le PCR suʻesuʻeina o le SARS-CoV-2 i le 26 faʻalapotopotoga faʻalesoifua maloloina lautele, e aofia ai le ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 ma Quant-studio7. E le gata i lea, o loʻo maua ni pusa suʻega PCR eseese, e pei o le Daan Gene suʻega, Abbott SARS-CoV-2 suʻega, Sansure Biotech suʻega, ma le SARS-CoV-2 BGI suʻega. E ui ina matua maaleale le rRT-PCR, ae o nisi o gasegase e maua i le COVID-19 e lipotia iʻuga leaga sese ona o le le lava o kopi o viral ribonucleic acid (RNA) i faʻataʻitaʻiga ona o le le lelei o le aoina, felauaiga, teuina ma le taulimaina, ma suʻega suʻesuʻe. tulaga ma gaioiga a tagata faigaluega8. E le gata i lea, fa'ata'ita'iga po'o le fa'atonutonuina o le fa'aogaina sese, ta'amilosaga ta'amilosaga (Ct) fa'atulagaina, ma feso'ota'iga fa'atasi ma isi pathogenic nucleic acids po'o le SARS-CoV-2 RNA ua le toaga/toega e mafai ona ta'ita'iina i'uga lelei sese ile su'ega rRT-PCR9. O le mea lea, e manino lava o suʻega PCR e mafai moni lava ona faʻailoaina o loʻo feaveaʻi vaega o kenera, aua e le mafai ona latou iloa le va o genes faʻamalosi moni, o lea e mafai ai e suʻega ona iloa naʻo tagata feaveaʻi ae le o gasegase10. O le mea lea, e taua le suʻesuʻeina o faʻataʻitaʻiga faʻataʻitaʻiga e faʻaaoga ai metotia masani i la tatou faʻatulagaga. E ui lava o loʻo maua le tele ole NAAT reagents ile Ethiopian Public Health Institute (EPHI) ma le atunuʻu atoa, e leai se iloiloga faʻatusatusa o lo latou aoga ua lipotia mai. O le mea lea, o lenei suʻesuʻega na faʻamoemoe e iloilo le faʻatusatusaga o faʻatinoga o pusa faʻatau oloa mo le suʻeina o le SARS-CoV-2 e le rRT-PCR e faʻaaoga ai faʻataʻitaʻiga faʻapitoa.
E tusa ma le 164 tagata auai ma masalomia COVID-19 na aofia i lenei suʻesuʻega. O le tele o faʻataʻitaʻiga e mai i nofoaga autu o togafitiga (118/164 = 72%), ae o le 46 (28%) o totoe na auai mai nofoaga e le o togafitiga. I totonu o tagata auai e leʻi togafitia i le ogatotonu, 15 (9.1%) na masalomia faʻamaʻi ma 31 (18.9%) na i ai fesoʻotaʻiga o mataupu faʻamaonia. E ivasefulu-tolu (56.7%) na auai o tane, ma o le fua (± SD) tausaga o tagata auai o 31.10 (± 11.82) tausaga.
I lenei suʻesuʻega, na faʻamauina ai fua faatatau lelei ma leaga o suʻega e fa mo le COVID-19. O lea la, o fua faatatau lelei o le Abbott SARS-CoV-2 suʻega, Daan Gene 2019-nCoV suʻega, SARS-CoV-2 BGI suʻega, ma le Sansure Biotech 2019-nCoV suʻega e 59.1%, 58.5%, 57.9% ma le 55.5% i le faasologa. . O le lelei ma le le lelei o fa'amaumauga tu'ufa'atasi (CRS) togi e 97 (59.1%) ma le 67 (40.9%), fa'asologa (Laulau 1). I lenei su'esu'ega, o le fa'auigaina o le CRS na fa'avae i luga o le tulafono "so'o se mea lelei", lea mai fa'ai'uga o su'ega, lua pe sili atu fa'ai'uga o su'ega na maua ai le fa'ai'uga tutusa e manatu lelei moni pe leaga.
I lenei suʻesuʻega, na matou maua ai se maliega pasene le lelei (NPA) o le 100% (95% CI 94.6-100) mo suʻesuʻega uma faʻatusatusa i le CRS. O le suʻesuʻega a le Sansure Biotechnology na faʻaalia ai le laʻititi o le PPA o le 93.8% (95% CI 87.2-97.1) ma le Daan Gene 2019-nCoV faʻataʻitaʻiga o loʻo iai le maliega atoa e 99.4% (95% CI 96.6-99.9). I se faʻatusatusaga, o le maliliega lautele i le va o le SARS-CoV-2 BGI suʻega ma le Sansure Biotech 2019-nCoV suʻega e 98.8% ma le 96.3%, i le faasologa (Laulau 2).
Cohen's kappa coefficient o maliliega i le va o le CRS ma Abbott SARS-CoV-2 suʻesuʻega sa atoatoa atoatoa (K = 1.00). E faʻapea foʻi, o faʻatauga a Cohen's kappa na maua e Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, ma le Sansure Biotech 2019-nCoV o loʻo ogatasi atoa ma CRS (K ≥ 0.925). I lenei su'esu'ega fa'atusatusa, o le su'ega chi-square (su'ega McNemar) na fa'aalia ai o fa'ai'uga o su'esu'ega a le Sansure Biotech 2019-nCoV e matua'i ese lava mai fa'ai'uga CRS (p = 0.031) (Laulau 2).
E pei ona faaalia i le Ata.1 o le pasene o le tau maualalo Ct (<20 Ct) o le Abbott SARS-CoV-2 suʻega (tuʻufaʻatasi RdRp ma N gene) e 87.6% ma le ORF1a/b gene Ct tau o le Sansure Biotech 2019-nCoV suʻega na faʻaalia ai le pasene o le maualalo. Ct tau (<20 Ct) e 50.3% ma le maualuga Ct tau (36-40 Ct) e 3.2%. 1 o le pasene o le tau maualalo Ct (<20 Ct) o le Abbott SARS-CoV-2 suʻega (tuʻufaʻatasi RdRp ma N gene) e 87.6% ma le ORF1a/b gene Ct tau o le Sansure Biotech 2019-nCoV suʻega na faʻaalia ai le pasene o le maualalo. Ct tau (<20 Ct) e 50.3% ma le maualuga Ct tau (36-40 Ct) e 3.2%.E pei ona faaalia i le Ata.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а гена O RFна 1. анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (<20 Ct) sоставлял 50,3%, a высокое значение Ct (36–40 Ct) . 1, o le pasene o le tau maualalo Ct tau (<20 Ct) suʻesuʻega o Abbott SARS-CoV-2 (gane tuʻufaʻatasi RdRp ma N) sa 87.6%, ma le Ct tau o le ORF1a/b suʻesuʻega gene o le Sansure Biotech 2019-nCoV na faʻaalia. o le pasene o le tau maualalo Ct (<20 Ct) na maua ai le 50.3%, ma maualuga tau Ct. (36–40 Ct) e 3.2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct8）一 9 Ct.8% Biotechn.检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的.2%丆我. E pei ona fa'aalia i le Ata 1, o le pasene aupito maualalo o le tau o le Ct (<20 Ct) o le su'ega a Abbott SARS-CoV-2 (tu'ufa'atasi o le kenera RdRp ma le N) e 87.6%, o le tau o le ORF1a/b gene Ct o le su'ega a le Sansure Biotech 2019-nCoV. fa'aalia le maualalo Ct(<20 Ct) 的 pasene e 50.3%, 高Ct值(36–40 Ct) 的 pasene e 3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное знач (<ение Ctное знач) 87,6%, a значение Ct гена ORF1a/b i исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. E pei ona faʻaalia i le Ata 1, o le suʻega a Abbott SARS-CoV-2 (tuʻufaʻatasia le RdRp ma le N genes) e maualalo le pasene Ct tau (<20 Ct) i le 87.6%, ae o le Ct tau o le ORF1a/b gene i le Sansure. Biotech 2019 suʻesuʻega - O le auiliiliga o le nCoV na faʻaalia ai le maualalo o Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. O le pasene o tau (<20 Ct) o le 50.3%, ma le pasene o maualuga Ct tau (36-40 Ct) o le 3.2%.O le suʻega a Abbott SARS-CoV-2 B na faʻamauina Ct tau i luga atu o le 30. I le isi itu, i luga o le BGI SARS-CoV-2 suʻesuʻega ORF1a/b gene sa i ai le maualuga Ct tau (> 36 Ct) pasene e 4% (Fig. 1). I le isi itu, i luga o le BGI SARS-CoV-2 suʻesuʻega ORF1a/b gene sa i ai le maualuga Ct tau (> 36 Ct) pasene e 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составл. 1%). I le isi itu, i le auiliiliga o le BGI SARS-CoV-2 gene ORF1a/b sa maualuga Ct tau (> 36 Ct), o le pasene o le 4% (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 伈> 36 Ct）的百分比为4%（图。 I le isi itu, i le BGI SARS-CoV-2 suʻesuʻega, o le pasene o le ORF1a/b gene ma maualuga Ct tau (>36 Ct) e 4% (Ata 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (aso. 1). I le isi itu, i le BGI SARS-CoV-2 suʻesuʻega, o le pasene o kenera ORF1a/b e maualuga Ct tau (>36 Ct) e 4% (Fig. 1).
I lenei suʻesuʻega, na matou aveina 164 faʻataʻitaʻiga nasopharyngeal. Mo ituaiga uma o suʻega, RNA tuʻuesea ma faʻalauteleina na faʻatinoina e faʻaaoga ai metotia ma pusa na fautuaina e le au gaosi taʻitasi.
O lenei suʻesuʻega na faʻaalia ai o le suʻega a Abbott mo le SARS-CoV-2 o loʻo i ai le faʻatinoga tutusa ma le CRS, faʻatasi ai ma le 100% lelei, leaga, ma le faʻasologa atoa. O le maliega kappa a Cohen e 1.00, e faʻaalia ai le maliliega atoatoa ma le CRS. O se suʻesuʻega tutusa a le Iunivesite o Uosigitone i le US na maua ai o le aotelega o le maʻaleʻale ma le faʻapitoa o le suʻega a Abbott mo le SARS-CoV-2 e 93% ma le 100%, faʻatusatusa i le suʻesuʻega faʻataʻitaʻi (LDA) a le CDC. . 11. O le Abbott SARS-CoV-2 detection system e fa'avae i luga ole su'esu'ega tu'ufa'atasi o le N ma le RdRp genes, ona e sili atu le ma'ale'ale o kenera e lua, ma fa'aitiitia ai fa'aletonu sese12. O se su'esu'ega i Vienna, Ausetalia na fa'aalia ai fo'i o voluma fa'ata'ita'iga lapopo'a ma fa'amauina voluma eluent na fa'aitiitia ai a'afiaga fa'afefeteina ma fa'ateleina le fa'aogaina lelei13. O le mea lea, o le fetaui lelei a Abbott mo le suʻega a le SARS-CoV-2 e mafai ona fesoʻotaʻi ma se faiga e suʻesuʻeina faʻavae e suʻesuʻe i le taimi lava e tasi genes tuʻufaʻatasia, aveese mai se numera tele o faʻataʻitaʻiga (0.5 ml), ma faʻaaogaina le tele o le eluent (40 µl).
O a matou faʻaiʻuga na faʻaalia ai foi o le suʻesuʻeina o le suʻega a le Daan e toetoe lava tutusa ma le CRS. O lo'o ogatasi lea ma se su'esu'ega14 na faia i le Iunivesite o Anhui i Huainan, Saina, ma le fa'ai'uga a le gaosi oloa e 100% lelei le maliliega. E ui i lipoti o faʻaiʻuga faifai pea, e tasi le faʻataʻitaʻiga na sese le lelei ina ua uma ona toe suʻeina le luate lava e tasi, ae na lelei i suʻega a Abbott SARS-CoV-2 ma Sansure Biotech nCoV-2019. E ta'u mai ai e ono iai le fesuisuia'i o fa'ai'uga i ituaiga eseese o su'ega. Ae ui i lea, i le suʻesuʻega na faia i Saina15, o le taunuuga o le Daan Gene assay na matua ese lava (p <0.05) faʻatusatusa i la latou suʻesuʻega faʻamatalaga faʻamaonia. Ae ui i lea, i le suʻesuʻega na faia i Saina15, o le taunuuga o le Daan Gene assay na matua ese lava (p <0.05) faʻatusatusa i la latou suʻesuʻega faʻamatalaga faʻamaonia. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p <0,05) тоблот эталонного анализа. Ae ui i lea, i se suʻesuʻega i Saina15, o le suʻesuʻega a Daan Gene e matua ese lava (p <0.05) mai a latou suʻesuʻega faʻamatalaga suʻesuʻe.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p <0.05）然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测盠检测的结果与其实验室定义的参考检测盉检测物<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результати генетического теста Daan значительно отличались (p гесьно) < 0,0 эталонным лабораторным тестом. Ae ui i lea, i se suʻesuʻega i Saina15, o faʻaiʻuga o le suʻega faʻapitoa a Daan e matua ese lava (p <0.05) faʻatusatusa i lana suʻega suʻesuʻe suʻesuʻe.O lenei eseesega e ono mafua ona o le maaleale o le suʻega faʻasino e iloa ai le SARS-CoV-2, ma nisi suʻesuʻega e ono taua e iloa ai le mafuaʻaga.
E le gata i lea, o la matou suʻesuʻega na suʻesuʻeina le faʻatusatusaga o le faʻataʻitaʻiga o le SARS-CoV-2 BGI faʻatasi ma le CRS, o loʻo faʻaalia ai le lelei o le pasene malie (PPA = 97.9%), le lelei pasene maliliega (NPA = 100%), ma le aofaʻi o pasene maliliega i itupa ( OPA). ). = 98.8%). O tau a Cohen's Kappa na faʻaalia le maliliega lelei (K = 0.975). O suʻesuʻega i Netherlands16 ma Saina15 na faʻaalia ai taunuuga tumau. Ole su'ega SARS-CoV-2 BGI ole su'ega su'esu'e e tasi (ORF1a/b) e fa'aaoga ai le 10 µl amplification/deteksi eluate. E ui ina lelei le maliliega fa'afuainumera ma a tatou fa'amatalaga fa'amatalaga, o le au'ili'iliga na misia ni fa'ata'ita'iga lelei se lua (1.22%) o le aofa'i o fa'ata'ita'iga. E mafai ona i ai le tele o a'afiaga fa'afoma'i mo felauaiga fa'agaioiga i le ma'i ma fa'alapotopotoga.
O le isi su'esu'ega fa'atusatusa na aofia i lenei su'esu'ega o le su'esu'ega a le Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); o le aofa'i o pasene fetaui e 96.3%. O le malosi o le maliliega na fuafuaina foi e le Cohen's Kappa tau, lea e 0.925, e faʻaalia ai le maliliega atoatoa ma le CRS. Toe foi, o matou taunuuga e tutusa ma suʻesuʻega na faia i le Central South University i Changsha, Saina, ma i le Clinical Laboratory Department a Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China17. E ui lava na fa'amauina le fa'amaumauga lelei o lo'o i luga, o le su'ega chi-square (su'ega MacNemar) na fa'aalia ai o le fa'ai'uga o le su'esu'ega a le Sansure Biotech na i ai se eseesega tele fa'atusatusa i le CRS (p <0.005). E ui lava na fa'amauina le fa'amaumauga lelei o lo'o i luga, o le su'ega chi-square (su'ega MacNemar) na fa'aalia ai o le fa'ai'uga o le su'esu'ega a le Sansure Biotech na i ai se eseesega tele fa'atusatusa i le CRS (p <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (крикадрат) что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p <0,005). E ui lava o le maliega faʻafuainumera lelei o loʻo i luga na faʻamauina, o le chi-square test (McNemar test) na faʻaalia ai o le taunuuga o le Sansure Biotech assay na i ai se eseesega taua faʻatusatusa i le CRS (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检测的美测他相比具有统计学显着差异（p < 0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech rs相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。）） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) стакичзкое разницу (p <0,005) между анализом Sansure Biotech ma CRS. E ui lava i le maliega faʻafuainumera lelei o loʻo taʻua i luga, o le chi-square test (McNemar test) na faʻaalia ai se eseesega taua (p <0.005) i le va o le Sansure Biotech assay ma le CRS.E ono faʻataʻitaʻiga (3.66%) na maua o ni faʻamatalaga sese pe a faʻatusatusa i le CRS (Tulafono Faʻaopoopo 1); e taua tele lenei mea, aemaise lava ona o le malosi o le faʻasalalauina o le siama. O fa'amaumauga o lo'o i luga o lo'o lagolagoina ai fo'i lenei fua faatatau maualalo15.
I lenei suʻesuʻega, na faʻamautu ai Ct tau mo suʻega taʻitasi ma faʻavae taʻitasi, faʻatasi ai ma le tau maualalo maualalo Ct na lipotia i le Abbott SARS-CoV-2 suʻega. O lenei fa'ai'uga e ono feso'ota'i ma le faiga fa'ata'ita'iga tu'ufa'atasi tu'ufa'atasi a Abbott mo le su'esu'eina o le SARS-CoV-2. O le mea lea, e tusa ai ma le Ata 1, 87.6% o Abbott SARS-CoV-2 iʻuga na maua Ct tau i lalo ifo o le 20. Naʻo se numera laʻititi o faʻataʻitaʻiga faʻaiʻuga (12.4%) sa i le 20-30 laina. Ct tau i luga atu o le 30 e leʻi faʻamauina. I le faʻaopoopoga i le faʻaogaina e Abbott o le SARS-CoV-2 panel genetic testing format, o lenei taunuuga e ono fesoʻotaʻi ma le tapulaa maualalo (32.5 RNA kopi / mL) 18, lea e faatolu ona maualalo nai lo le tapulaa maualalo a le kamupani o le 100 kopi RNA. /mL. ml)19.
O lenei suʻesuʻega e iai ni tapulaʻa: muamua, e leai ni a matou metotia masani / faʻamatalaga [pei o viral load poʻo isi suʻega suʻesuʻe (LDA)] ona o le le lava o punaoa. Lona lua, o faʻataʻitaʻiga uma na faʻaaogaina i lenei suʻesuʻega o nasopharyngeal swabs, ae o taunuuga e le faʻatatau i isi ituaiga faʻataʻitaʻiga, ma lona tolu, o la matou faʻataʻitaʻiga e laʻititi.
O lenei suʻesuʻega faʻatusatusa le faʻatinoga o suʻega rRT-PCR e fa mo le SARS-CoV-2 faʻaaogaina faʻataʻitaʻiga nasopharyngeal. O su'ega su'esu'e uma e toetoe lava a fa'atusa fa'atinoga, se'i vaganā ai le su'ega a le Sansure Biotech. E le gata i lea, o le maualalo o le positivity rate na iloa i le Sansure Biotech assay faʻatusatusa i le CRS (p <0.05). E le gata i lea, o le maualalo o le positivity rate na iloa i le Sansure Biotech assay faʻatusatusa i le CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). E le gata i lea, o le suʻega a le Sansure Biotech na faʻaalia ai se pasene maualalo o taunuuga lelei faʻatusatusa i le CRS (p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). E le gata i lea, o le suʻega a le Sansure Biotech e maualalo le fua faʻatatau ile CRS (p <0.05).O le su'esu'ega a le Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) o le PPA, NPA ma le maliega atoa na sili atu i le 93.5% ma le Cohen Kappa malosi o maliega e 0.925. Ma le mea mulimuli, e manaʻomia e le Sansure Biotech Assay (RUO) se faʻamaoniga atili mo le faʻaaogaina i Etiopia, ma suʻesuʻega faaopoopo e tatau ona mafaufauina e iloilo ai tagi mai tagata taʻitoʻatasi.
O suʻesuʻega faʻatusatusa na faia i nofoaga faʻalesoifua maloloina e fa i Addis Ababa, Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Treatment Centre, Zewooditu Memorial Hospital, ma St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. O faʻamaumauga na aoina i le va o Tesema 1 ma le 31, 2020. O falemaʻi mo lenei suʻesuʻega na filifilia ma le faʻamoemoe e faʻatatau i le maualuga o latou numera o mataupu ma le maua o nofoaga autu mo togafitiga i totonu o le taulaga. I se tulaga talitutusa, o meafaifaʻaili, e aofia ai le ABI 7500 ma Abbott m2000 meafaifaʻaili PCR taimi moni, na filifilia e tusa ai ma fautuaga a le NAAT reagent gaosi oloa, ma e fa PCR detection kits na filifilia mo lenei suʻesuʻega, ona o le tele o fale suʻesuʻe i Etiopia na faʻaaogaina a itiiti ifo. e toafa i latou. Su'ega kene, su'ega a Abbott SARS-CoV-2, su'ega Sansure Biotech, ma su'ega BGI SARS-CoV-2 na faia i le taimi o le su'esu'ega).
O suʻega mo le SARS-CoV-2 na faia mai le 1 i le 30 Tesema 2020 e faʻaaoga ai le 3 ml o Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Saina) mai tagata taʻitoʻatasi o loʻo suʻesuʻeina mo le COVID-19 o loʻo taʻua i le EPHI. O faʻataʻitaʻiga o le nasopharyngeal na aoina e tagata aoina faʻataʻitaʻiga ua aʻoaʻoina ma auina atu i le EPHI i faʻailoga tolu. A'o le'i tu'uesea le nucleic acid, e tu'uina atu i fa'ata'ita'iga ta'itasi se numera fa'ailoa tulaga ese. O le fa'aaogaina e fa'atino mai fa'ata'ita'iga ta'itasi i le taimi lava e taunu'u mai ai e fa'aaoga ai le fa'aaogaina o le tusi lesona ma auala otometi. O le mea lea, mo le faʻapipiʻiina otometi o Abbott m2000, 1.3 ml (e aofia ai le 0.8 ml voluma oti ma le 0.5 ml faʻapipiʻiina le voluma) o le faʻataʻitaʻiga na maua mai faʻataʻitaʻiga taʻitasi ma pasia le Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ISA). ) O se vaega o le 96 [92 faʻataʻitaʻiga, lua faʻataʻitaʻiga faʻataʻitaʻiga ma lua e le o faʻataʻitaʻiga faʻataʻitaʻiga (NTC)] na aofia i le faagasologa atoa (toe maua ma suʻesuʻeina) o taamilosaga e lua o le SARS-CoV-2 (EUA) i le taimi moni. eliina. E fa'apena fo'i, mo le fa'aaogāina o tusi lesona, fa'aoga tutusa fa'ata'ita'iga (mo le fa'atosina otometi ma maua). O le mea lea, i le faagasologa atoa, 140 μl faʻataʻitaʻiga na vaʻaia ma aveese mai e faʻaaoga ai le QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Siamani) i vaega o le 24 (e aofia ai faʻataʻitaʻiga 20, lua faʻataʻitaʻiga faʻataʻitaʻiga ma lua NTC) i luga o le iva taamilosaga. O luate na aumai limalima na faʻateleina ma maua i le faʻaaogaina o le ABI 7500 thermal cycler faʻaaogaina le SARS-CoV-2 BGI suʻega, Daan Gene suʻega, ma le Sansure Biotech suʻega.
Otometi fa'aesea ma fa'amamāina o le SARS-CoV-2 viral RNA o lo'o mulimulita'i i le fa'avae maneta lopa e fa'aaoga ai le Abbott DNA fa'ata'ita'iga sauniuni fa'ata'ita'iga. O le faʻaaogaina o faʻataʻitaʻiga ma le solubilization o vaega viral o loʻo faʻatinoina e faʻaaoga ai se vailaʻau o loʻo i ai le isothiocyanate guanidine e faʻaumatia ai le polotini ma faʻagata ai le RNase. Ona tuueseeseina lea o le RNA mai le polotini e ala i le tuueseeseina o vaega mautu e faaaoga ai le silica, e pei o le masima guanidinium ma le pH alkaline o le lysis buffer e siitia ai le fusifusia o le nucleic acids i le silica (SiO2). O le la'asaga fufulu e aveese ai polotini o totoe ma otaota ina ia maua ai se vaifofo manino. O le RNA manino o lo'o tu'u'ese'ese mai le silica-based microparticles e fa'aaoga ai le maneta o le meafaigaluega20,21. I le isi itu, o le tu'uesea ma le fa'amamāina o le RNA o lo'o fa'atinoina e ala i le fa'aogaina o le koluma e fa'aogaina ai le centrifugation nai lo le tu'u maneta ma le vavaeeseina o microparticles mai le eluent.
O le Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) na faia e tusa ai ma faʻatonuga a le gaosiga, lea na maua EUA19,22 mai le WHO ma le FDA. I lenei faʻasalalauga, faʻataʻitaʻiga le faʻaaogaina aʻo leʻi faʻaaogaina na faia i totonu o le vai taele i le 56 °C mo le 30 min. Ina ua uma le inactivation o le siama, sa faia le su'eina o le nucleic acid i luga o se meafaigaluega Abbott m2000 SP mai le 0.5 ml VTM e fa'aaoga ai le Abbott m2000 DNA sample preparation system. e tusa ai ma le gaosiga. O le faʻalauteleina ma le suʻesuʻeina na faia i le faʻaaogaina o se meafaigaluega a Abbott m2000 RT-PCR, ma na faʻatinoina le lua suʻesuʻega mo genes RdRp ma N. ROX) ma le VIC P (valu fa'apitoa) mo le fa'atatauina ma le su'esu'eina o fa'atonuga i totonu, fa'atagaina le su'esu'eina tutusa o oloa fa'aopoopo e lua 19 .
O le fa'alauteleina o le fa'aogaina o lenei pusa e fa'avae i luga ole la'asaga tasi RT-PCR tekonolosi. O le ORF1a/b ma le N genes na filifilia e fai ma itulagi fa'asao e Daan Gene Technology e iloa ai le fa'alauteleina o le itulagi. O su'esu'ega fa'apitoa ma su'esu'ega fa'amalama (N gene su'esu'e fa'ailogaina FAM, ORF1a/b su'esu'e fa'ailoga VIC) ua mamanuina e iloa ai le SARS-CoV-2 RNA i fa'ata'ita'iga. Na saunia le fa'afefiloi mulimuli ma le fa'afefiloi matai e ala i le fa'aopoopoina o le 5 µl o le eluent i le 20 µl o le fa'afefiloi matai i se voluma mulimuli e 25 µl. O le fa'alauteleina ma le su'esu'eina sa faia i le taimi e tasi i luga ole meafaifa'aili PCR ole ABI 750024.
O le ORF1a/b ma le N genes na maua i le fa'aaogaina o le Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluorescent PCR detection). Sauni su'esu'ega fa'apitoa mo kene ta'itasi e ala ile filifilia ole ala FAM mo le itulagi ORF1a/b ma le ala ROX mo le gene N. I lenei pusa su'esu'e, ua fa'aopoopo i ai mea fa'afefiloi fa'afefiloi e fa'apea: saunia le 30 μl fa'afefiloi fa'afefiloi ma le 20 μl fa'ata'ita'iga fa'afefiloi mo le su'esu'eina/fa'ateleina. O le taimi moni PCR ABI 750025 na faʻaaogaina mo le faʻalauteleina / suʻesuʻeina.
O le su'ega SARS-CoV-2 BGI o se pusa fa'amalama rRT-PCR mo le su'esu'eina ole COVID-19. O le itulagi fa'amoemoe o lo'o i totonu o le ORF1a/b itulagi o le SARS-CoV-2 genome, o se auala e tasi e su'e ai kenera. E le gata i lea, o le gene β-actin o loʻo faʻatonutonuina i totonu o le fale. O le master mix e saunia e ala i le faʻafefiloi o le 20 µl o le master mix reagent ma le 10 µl o le RNA faʻataʻitaʻiga na aumai i totonu o se ipu vaieli26. O le ABI 7500 fluorescent quantitative real-time PCR instrument na faʻaaogaina mo le faʻalauteleina ma le iloa. O fa'aopoopoga uma ole nucleic acid, tulaga ole PCR mo su'ega ta'itasi, ma le fa'auigaina o fa'ai'uga na fa'atinoina e tusa ai ma fa'atonuga a le kamupani gaosi oloa (Tula'au 3).
I lenei fa'atusatusaga o su'esu'ega, matou te le'i fa'aogaina le fa'ata'ita'iga fa'ata'ita'iga e fuafua ai le pasene maliliega (lelei, leaga, ma le aotelega) ma isi fa'atusatusaga fa'atusatusaga mo su'esu'ega e fa. O faʻatusatusaga faʻataʻitaʻiga taʻitasi na faia ma le CRS, i lenei suʻesuʻega o le CRS na faʻatulagaina e le tulafono "soʻo se mea lelei" ma o le taunuuga na faʻamoemoeina, ae le o se suʻega se tasi, matou te faʻaaogaina a itiiti ifo ma le lua suʻega suʻega tutusa. E le gata i lea, i le tulaga o faʻasalalauga COVID-19, o faʻaiʻuga leaga sese e sili atu ona mataʻutia nai lo faʻaiʻuga lelei sese. O le mea lea, ina ia ta'ua le "lelei" i le sa'o sa'o mai se fa'ai'uga CRS, ia le itiiti ifo ma le lua su'ega su'ega e tatau ona lelei, o lona uiga e le itiiti ifo ma le tasi le fa'ai'uga lelei e ono maua mai le su'ega a le EUA. O lea la, mai fa'ai'uga o su'ega, lua pe sili atu fa'ai'uga o su'ega e maua ai le fa'ai'uga tutusa e manatu i ai e moni lelei pe leaga18,27.
Na aoina faʻamaumauga e faʻaaoga ai fomu faʻapipiʻiina o faʻamaumauga, faʻamaumauga faʻamaumauga ma auʻiliʻiliga na faʻatinoina e faʻaaoga ai le Excel numera software ma le SPSS version 23.0 mo faʻamatalaga faʻamaumauga. Sa su'esu'eina lelei, leaga, ma le aofa'i o le pasene maliliega, ma sa fa'aogaina le sikoa Kappa e iloa ai le tikeri o le maliliega o metotia ta'itasi ma le CRS. O tau o Kappa o loʻo faʻamatalaina e faapea: 0.01 i le 0.20 mo maliega malie, 0.21 i le 0.40 mo maliega lautele, 0.41-0.60 mo maliega feololo, 0.61-0.80 mo maliega tetele ma le 0.81-0.99 mo maliega atoatoa28.
Na maua le kiliaga fa'apitoa mai le Iunivesite o Addis Ababa ma fa'ata'ita'iga uma mo lenei su'esu'ega na fa'amaonia e le Ethiopian Public Health Institute's Scientific Ethics Review Board. Ole numera fa'asino mo le EPHI Ethics License o le EPHI/IRB-279-2020. O metotia uma na faʻaaogaina e tusa ai ma fautuaga ma aiaiga a le Etiopian National Comprehensive Guidelines mo le Togafitiga o le COVID-19. E le gata i lea, na maua mai le maliega tusitusia mai tagata suʻesuʻe uma aʻo leʻi auai i le suʻesuʻega.
O faʻamaumauga uma na maua pe suʻesuʻeina i lenei suʻesuʻega o loʻo aofia i lenei tusiga faʻasalalau. O fa'amaumauga e lagolagoina ai fa'ai'uga o lenei su'esu'ega e maua mai le tusitala ta'itasi pe a fa'atatau i talosaga.
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